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新注册公司的个税零申报，一般可以按照以下步骤进行。
1、登录电子税务局，使用公司的电子税务局账号登录，以便后续操作。
2、选择申报表，在电子税务局中，选择“个人所得税”模块，然后选择相应的申报表，对于新成立的公司来说，可以选择“个人所得税申报表（适用于小规模纳税人）”。
3、填写申报表，在填写申报表时，由于公司是零申报，所以各项数据（如工资总额、社保公积金等）都填零，填写完毕后，确认无误，点击提交。
4、审核申报状态，提交后，需要关注申报状态，如果显示申报成功，就表示已经完成零申报，如果显示申报失败，需要根据提示的信息进行修改并重新提交。
5、完成税务备案，完成个税申报后，还需要进行税务备案，备案完成后，公司就可以正式开始运营了。
具体的操作可能会因地区或政策的不同而有所差异，如果遇到问题，可以咨询税务局工作人员或专业税务人员以获取更详细的指导，虽然零申报是常见的做法，但公司仍需按时进行申报，以避免产生不必要的税务问题，务必确保公司的税务工作符合相关法律法规的要求。